در راستای تحقق مدیریت یکپارچه و منسجم امور شهری و به منظور بهینه سازی شیوه ها و روش های اجرایی و اصلاح ساختار تشکیلاتی و استناد به قانون مدیریت پسماند، شرکت مدیریت پسماند شهرداریها در سال 1383 از مجموع 9 شهرداری شهرستان های برخوار و میمه سابق (دو شهرستان شاهین شهر و میمه، برخوار کنونی) آغاز به کار نمود. در سال های 1386 تا 1389 و پس از الحاق شهرداری خمینی شهر و گرگاب مجموع سهامداران به11 شهرداری شامل شهرداریهای شاهین شهر , خمینی شهر , دولت آباد , گز , خورزوق , حبیب آباد , دستگرد , میمه , وزوان , کمشچه و گرگاب افزایش یافت. که علاوه بر شهرهای مذکور این شرکت، شهر شاپور آباد، سین و سایر شهرها و روستاهای تابعه را تحت پوشش حوزه فعالیت خود قرار داده است. جمع آوری پسماندها تا پیش از تشکیل شرکت مدیریت پسماند، و احداث کارخانه تولید کود و مواد آلی توسط پیمانکاران انجام و پسماندهای تر جمع آوری شده طی قراردادی با سازمان بازیافت و تبدیل مواد شهرداری اصفهان جهت دفن به گردنه زینل واقع در شرق اصفهان منتقل می شدند و یا توسط شهرداریها دفن می گردیدند. ضمناً تا قبل از سال 1383، عملاً فعالیتی در جهت جمع آوری و سازماندهی مواد قابل بازیافت تولید شده در مراکز تولید (منازل، مدارس، ادارات و صنوف) صورت نمی گرفت، بنابراین در اجرای قانون مدیریت پسماندها پس از تشکیل شرکت برنامه ریزی های لازم در خصوص موارد فوق صورت پذیرفت. در سال 1386 این شرکت برای بهینه سازی مدیریت پسماندها، احداث کارخانه ای را برای بازیافت پسماندهای آلی و تبدیل به کمپوست در دستور کار خود قرار داد. این کارخانه با ظرفیت پذیرش روزانه 100 تن پسماند در قطعه زمینی در 15 کیلومتری شمال شرقی شاهین شهر جنب شهرک صنعتی چرمشهر و در دامنه کوه های جعفرآباد احداث گردید که در تیرماه سال 1388 فاز اول تولید کود کمپوست و خط پردازش کارخانه با ماشین آلات سیار راه اندازی شد.
در سال 1389 نیز به دلیل افزایش تناژ پسماندهای ورودی به کارخانه خط جدید پردازش کارخانه طراحی و با کمک سازندگان داخلی مراحل ساخت، نصب و بهره برداری از آن انجام شد و امروزه با دو شیفت کاری روزانه در حدود 250 – 300 تن پسماند را پردازش می نماید.
شرکت مدیریت پسماند شهرداریها برای رسیدن به اهداف خود در سال 1384 اقدام به تهیه طرح جامع مدیریت پسماند برای شهرهای سهامدار نمود که این طرح در سال 1388 تهیه و تحویل داده شد.
با تصویب قانون مدیریت پسماندها در اردیبهشت ماه 1383 در مجلس شورای اسلامی مدیریت پسماندها وارد مرحله جدیدی شد. آئین نامه اجرایی قانون مذکور در مرداد ماه 1384 به تصویب هیئت وزیران رسید و به همین ترتیب دستورالعلها و شیوه نامه های مربوطه نیز برای بهینه سازی وضعیت مدیریت پسماندها ابلاغ شد که از آن جمله می توان به دستورالعمل تهیه طرح جامع مدیریت پسماند شیوه نامه نحوه اقدام مامورین مدیریت پسماند به عنوان ضابطین قضایی، اساسنامه و ساختار تشکیلات شرکت مدیریت پسماند اشاره نمود.